Zahlreiche wissenschaftliche Einrichtungen der Universität sind in den Themen der Informatik sehr erfolgreich tätig:
- s-lab - Software Quality Lab mit derzeit acht assoziierten Partnerunternehmen
- c-lab (Joint Venture mit der Siemens AG)
- Heinz Nixdorf Institut (HNI)
- PC2 - Paderborn Center for Parallel Computing
- Paderborn Institute for Advanced Studies in Computer Science and Engineering (PACE)
- International Graduate School of Dynamic Intelligent Systems
- Paderborn Institute for Scientific Computing (PaSCo)
- IFIM - Institut für Industriemathematik
- DFG-Sonderforschungsbereich 614 "Selbstoptimierende Systeme des Maschinenbaus"